การพัฒนาและก่อสร้างท่าเรือน้ำลึก นอกจากการวิเคราะห์ทางด้านเศรษฐกิจเพื่อดูความคุ้มทุนแล้ว ยังต้องศึกษาวิจัยและสำรวจทางด้านสิ่งแวดล้อมเป็นสำคัญ โดยการพัฒนาท่าเรือแหลมฉบัง โครงการขั้นที่ 3 พยายามให้มีผลกระทบทางสิ่งแวดล้อมให้น้อยที่สุด ไม่ว่าจะเป็นในเชิงระบบนิเวศวิทยา สภาพน้ำ อากาศ การออกแบบและการก่อสร้างอาคารและท่าเรือที่ช่วยประหยัดพลังงาน เพื่อมุ่งสู่การเป็นท่าเรือสีเขียวที่มีเทคโนโลยีที่ทันสมัยและใส่ใจสิ่งแวดล้อม

เพื่ออากาศที่สดใส เลือกใช้เครื่องจักรขนถ่ายตู้สินค้าแบบใช้พลังงานไฟฟ้า เช่น ปั้นจั่นยกตู้สินค้าในลานกองตู้ รถหัวลากตู้สินค้า สนับสนุนให้รถบรรทุกตู้สินค้าใช้พลังงานไฟฟ้าหรือก๊าซธรรมชาติ รณรงค์ให้เรือที่มาจอดเทียบท่าใช้พลังงานไฟฟ้าจากท่าเรือแทนการใช้พลังงานจากเครื่องยนต์ดีเซล นอกจากนี้ยังมีมาตรการควบคุมโดยการตรวจสอบมลพิษของเครื่องจักร รถ และเรือที่อยู่บริเวณท่าเรือไม่ให้สูงเกินกว่าที่กำหนด

เพื่อน้ำที่สะอาด ระหว่างการก่อสร้างและหลังจากก่อสร้างเสร็จสิ้นจะมีการประเมินคุณภาพน้ำ โดยเฉพาะช่วงที่กำลังขุดลอก เพื่อไม่ให้มีผลกระทบต่อน้ำบริเวณท่าเรือเกินมาตรฐานที่กำหนด (ตามมาตรการตามรายงานการศึกษาผลกระทบสิ่งแวดล้อม (EIA) นอกจากนี้ยังมีการสร้างระบบบำบัดน้ำเสียที่มีประสิทธิภาพ ไม่ว่าจะเป็นน้ำเสียจากกิจกรรมบริเวณท่าเรือหรือน้ำเสียจากเรือที่มาจอดเทียบท่า

เพื่อพลังงานที่ยั่งยืน ออกแบบ ก่อสร้าง และบริหารอาคารและบริเวณใกล้เคียงให้ประหยัดพลังงานและช่วยอนุรักษ์สิ่งแวดล้อม มีการใช้ผลิตภัณฑ์ประหยัดน้ำภายในอาคาร ใช้วัสดุที่มีผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อมต่ำ และสามารถนำกลับมาใช้ใหม่ได้ (Recycle)

เพื่อสิ่งแวดล้อมที่สวยงามตลอดไป รณรงค์และกำหนดนโยบายให้ทุกคนมีความห่วงใยทางด้านสิ่งแวดล้อม และลงมือปฏิบัติอย่างจริงจัง โดยขั้นแรกจะออกแบบและก่อสร้างท่าเรือตามมาตรฐานของ Leadership of Energy and Environment Design (LEED) ลดปริมาณขยะ การใช้กระดาษ การนำวัสดุที่ใช้แล้วกลับมาใช้ใหม่ ฝึกอบรมบุคลากร และให้ข้อมูลเรื่องท่าเรือที่เป็นมิตรกับสิ่งแวดล้อม พร้อมตรวจสอบและติดตามการปฏิบัติงานของแต่ละหน่วยงาน